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腹瀉、圓環、藍耳是目前業內公認的危害養豬業三大疫病。但中國工程院院士、華中農業大學農業微生物學國家重點實驗室主任陳煥春，在近期舉辦的全國規模化豬場疫病監控與凈化專題研討會上指出，養殖戶防控疾病重心不宜過于集中在這三類病，且無論是細菌病還是病毒病，呈多種病原混合感染越來越普遍，危害豬群健康。陳煥春介紹，因豬場缺乏配套合理的免疫程序與疫病預警機制，缺乏管理獸醫理念、執行力不強導致豬群長期帶毒，基礎免疫力低下；新病毒不斷增多，病原變異加快，毒力增強；免疫抑制病威脅逐漸加劇等威脅，且“細菌、病毒、細菌—病毒—寄生蟲”之間多種病原混合感染越來越普遍。
據了解，2011年度華中農業大學動物傳染病實驗室共接診2405家規模化豬場送檢9028份臨床病料，病豬和18215份血樣。其中圓環、藍耳病、豬瘟、輪狀、細小、流感、流行性腹瀉等病毒流行依然嚴重；鏈球菌、副豬嗜血桿菌是主要細菌性疾病，胸膜肺炎、巴氏桿菌對肥豬的威脅有抬頭趨勢。詳細分析到各階段豬群攜帶相關病毒的差異性，去年對121頭母豬病樣和1108份母豬血清檢測得知，母豬帶毒率較低，主要攜帶圓環病毒為19.2%，變異藍耳病毒14.6%；產房仔豬圓環病毒為35.3%，變異藍耳病毒為36.2%，經典藍耳病毒為20.3%，豬瘟為7.7%，偽狂犬病毒為8.0%；育肥豬圓環病毒為44.8%，變異藍耳病毒為24.2%，經典藍耳病毒為11.6%。
不過陳煥春認為，與病毒性疾病相比，細菌性疾病更為復雜，危害更大；尤其是細菌性疾病混合感染不容忽視，在豬群發病致死中扮演著重要角色，致病菌對各階段豬群的致死性作用，各菌群血清型差異較大。且長期以來養豬業過分依賴藥物，全程濫用抗生素保健、治療，導致細菌耐藥性日趁嚴重，出現致病菌耐藥譜廣，部分細菌病甚至已無藥可治，引發公共衛生問題備受關注。
據了解，陳煥春及其帶領專家團隊通過實驗室調查統計表明，2003-2011年共分離鑒定細菌10817株，其中鏈球菌4274株(39.51%)、副豬嗜血桿菌3088株(28.55%)、腸外致病性大腸桿菌1213(11.21%)、巴氏桿菌652株(6.03%)，這幾種細菌已經成為影響國內養豬生產的主要病原菌，另外胸膜肺炎、沙門氏菌等常見病原菌也嚴重威脅規模化養殖業的健康生產。
陳煥春強調，養殖戶應該重視細菌性疾病防控，如果細菌性疾病控制好，即使有藍耳圓環等病毒性疾病，豬場疾病也相應較容易控制。具體到鏈球菌和副豬嗜血桿菌這兩類主要細菌性疫病時，陳煥春介紹目前主要是以注射疫苗防控為主，不過要針對細菌血清型不同用對疫苗。據該實驗室臨床分離豬鏈球菌的血清定型情況看，2型鏈球菌所占比例為57%，屬于已分離出型鏈球菌中的優勢血清型；7型和9型鏈球菌，所占比例為19.2%和18.8%。
副豬嗜血桿菌的血清型則最為復雜，各個血清型之間免疫交叉保護力很低。不同地方分離的相同血清型的菌株毒力與抗原性也可能不完全相同，具有地方特異性不同區域有不同的表現，其中湖北以4、13、5型為主，占62.41%比例；浙江以5型為主占40.25%，其次為4型占25.97%；河南以4、13型為主，其中4型占28.81%。
