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由于精液在處理過程中常加入抗生素，所以細菌通過人工授精傳播的幾率較小，病毒性疾病通過人工授精途徑傳播的風險比較大。
(1)口蹄疫病毒：學者從自然感染的公豬精液中分離出了口蹄疫病毒，該病毒可以通過淋巴液和血液進入睪丸和附性腺，并可以在包皮周圍擴增，增加了人工授精疾病傳播的風險。
(2)豬瘟病毒：從人工感染和自然感染的公豬精液中都可以分離出豬瘟病毒，豬瘟病毒被認為是高度感染性的病毒之一。很多母豬在感染豬瘟病毒后不表現出明顯的臨床癥狀和病理學變化，這對豬瘟病毒的檢測和人工授精的安全性帶來了挑戰。
(3)偽狂犬病毒：學者研究證實偽狂犬病毒可以在生殖道中增殖，不論是人工感染還是自然感染，都可以從尿液、包皮和精液中檢測出該病毒。精液并不是本病毒的主要傳播途徑，它主要通過鼻咽粘膜的吸入途徑傳播。
(4)藍耳病病毒：研究人員從豬精液中分離出藍耳病毒，從未成熟的精子細胞中檢測出藍耳病毒，而在成熟的精子細胞中檢測不到，該病毒造成精子活力下降，影響精子質量，造成母豬受胎率降低。帶毒公豬感染藍耳病病毒后臨床癥狀不明顯，精液是該病毒主要的傳播途徑。
(5)圓環病毒：研究發現，在自然感染圓環病毒的公豬群中，即使豬體內已有抗體的產生，但仍有50%的公豬精液中可以分離出該病毒。圓環病毒可以間歇性地由精液途徑排除，人工授精途徑在本病的傳播中扮演著重要的角色。
(6)細小病毒：細小病毒易引起未免疫母豬的死胎，而感染該病毒的公豬不表現出明顯的臨床癥狀。免疫力低下的公豬可經精液途徑排毒，既使感染公豬的精液中檢測不出細小病毒，也可以從其生殖器，陰囊淋巴結和附睪中分離出該病毒。
(7)腸道病毒：腸道病毒可以造成胎兒和新生仔的死亡，腸道病毒還會導致公豬發生精囊炎，引起精子畸形和公豬性欲低下。其傳播方式主要是經口攝入尿糞污染物而感染，一旦公豬感染腸道病毒，就極有可能在精液采集的過程中污染精液從而感染母豬群。
