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1、飼料與飲水的質量：飼料和飲用水不但是最主要的影響因素之一，同是它們還是絕大多數損害腸道因素的載體，所以它們應該是我們關注的第一要點。
飼料質量主要包括飼料中營養成分的均衡度、可消化吸收的難易程度、是否含有霉菌等微生物產生的毒素以及微生物數量、飼料的酸堿緩沖系數等幾方面，它們所造成的影響是多方面的，改變胃腸道酸堿度ph值、破壞消化道粘膜與腸上皮細胞、營養物產生相互間拮抗、降低飼料消化率、破壞腸道菌群結構、干擾腸道免疫球蛋白的保護作用等。
飲用水質量主要是水中礦物質含量高和微生物超標，其中礦物質含量高所造成的影響首先是與飲水添加的維生素、藥物結合產生不溶性物質，影響維生素、藥物的作用與效果；其次在胃腸道中與飼料中營養成分會產生破壞、拮抗或者是吸收的競爭，比如腸道內大量的二價鈣離子不但會破壞維生素，而且還會與其他多種微量元素產生拮抗或爭奪離子通道，干擾了正常的營養吸收途徑。飲用水的衛生指標最重要的意義就是腸道感染的控制，不潔飲用水會攜帶病原微生物，破壞腸道菌群結構，造成菌群失調，是腹瀉等腸道疾病高發主要原因。
2、病原微生物感染：大量的病原微生物會對腸道粘膜上皮細胞的完整性造成破壞，同時它們還會抑制有益菌的生長，造成腸道正常的菌群結構失調，其產生的毒素會加快胃腸道蠕動，造成下痢、腹瀉，并會由于腸道菌群移位進入循環系統，產生菌毒血癥。
3、濫用藥物：畜禽由于操作與數量的原因，口服用藥是最主要的投藥方式，所有經口攝入的藥物均要通過胃腸系統進行傳遞、消化和吸收，所以胃腸道首當其沖地受到某些藥物的刺激及損害，同時由于藥物對有益菌和有害菌的非選擇性作用，在消滅有害菌的同時也殺滅了大量的有益菌，必然會導致藥物性菌群失調癥的發生。
4、應激：應激在改變機體內環境穩定性的同時，對于胃腸道的消化吸收和腸道屏障保護更是產生巨大改變。在應激條件下，由于體液的酸堿平衡破壞、水與電解質紊亂、供血與供氧不足、免疫細胞活性下降等，導致腸粘膜細胞水腫、萎縮、凋亡，細胞間緊密部松弛，細胞通透性的增加和免疫保護屏障破壞為腸內病原菌、內毒素提供了通道，進而引發全身組織器官的衰竭。
從上面幾種主要影響因素對胃腸道健康產生的危害中我們可以發現這樣的規律，無論哪種因素它們所產生的破壞都不是單一性的，均包含有胃腸道粘膜及上皮細胞的損傷、腸道內正常菌群結構失調、腸道免疫保護作用下降，即腸道的四道防御保護屏障的全部或部分遭受破壞，因此建立與恢復腸道保護性屏障是保證腸道健康的根本途徑。
