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隨著現代化養殖業的發展，標志著設施畜牧業發展和現代化農業生產的規模養殖場應運而生。但在規模養殖場的動物疫病綜合防控工作中易出現各種問題導致免疫失敗或疫病失控，造成重大損失。為了避免這種情況的出現，農業部為統籌做好“十三五”時期獸醫衛生工作，發布的《全國獸醫衛生事業發展規劃（2016—2020年）》，對如何提高疫病綜合防治能力作出指導。
一是實施種畜禽場疫病凈化策略
健全種用動物健康標準，嚴格種畜禽場動物防疫管理。出臺種雞場、種豬場重點疫病凈化評估標準，推進種雞場、種豬場疫病凈化，定期發布無特定病原場（群）名錄、種畜禽場疫病監測情況。
二是實施養殖場所動物疫病風險防范策略
深入推進標準化規模養殖。建立健全無疫企業建設標準，完善相關評估制度，及時發布無疫企業名錄。綜合利用金融保險杠桿，結合養殖補貼等項目和動物防疫條件管理，支持符合條件的企業建設生物安全隔離區（無疫企業）。出臺差異化流通監管措施，促進形成養殖場所持續改善生物安全措施的內生動力機制。
三是實施無規定動物疫病區建設策略
完善無疫區管理制度，支持有條件的地區開展無疫區建設評估工作。加強區域內動物疫病監測、動物衛生監督、防疫屏障和應急反應體系建設，優化流通控制模式，加強易感動物調入監管。健全完善評估驗收工作機制。鼓勵已通過評估驗收的無疫區增加規定動物疫病病種。在鞏固現有無規定動物疫病區建設成果的基礎上，推動區域化管理在更大范圍實施、向更高水平跨越。
四是實施動物疫病監測預警處置能力提升策略
重點強化市縣級及以下獸醫動物疫病預防控制機構監測、診斷能力。優化監測和流行病學調查措施，增強動物疫病監測診斷信息采集傳遞的及時性、分析應用的科學性。加強動物疫病應急管理，完善應急預案，健全各級應急預備隊，合理配置應急資源，全面提升突發動物疫情應急能力和水平。
