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從感染病原和臨床特征上進行鑒別
仔豬黃痢：是由致病性大腸桿菌引起的一種急性、致死性疾病，臨床上以腹瀉、排黃色或黃白色糞便為特征。
仔豬白痢：是由致病性大腸桿菌引起的一種急性腸道傳染病，臨床上以排灰白色、腥臭、糨糊狀稀糞為特征。
仔豬紅痢：是由C型產氣莢膜梭菌引起的一種高度、致死性的腸毒血癥，臨床上以血性下痢、病程短、病死率高、小腸后段的彌漫性出血或壞死性變化為特征。
豬痢疾：是由致病性豬痢疾蛇形螺旋體引起的一種腸道傳染病，臨床上以大腸黏膜發生卡他性出血性炎癥，纖維素壞死性炎癥，粘液性或粘液出血性下痢為特征。
豬傳染性胃腸炎：是由豬傳染性胃腸炎病毒（屬冠狀病毒）引起的一種高度接觸性腸道疾病，臨床上以嘔吐、嚴重腹瀉和脫水為特征。
豬流行性腹瀉：是由豬流行性腹瀉病毒（屬冠狀病毒）引起的一種急性接觸性腸道傳染病，臨床上以嘔吐、腹瀉和脫水為特征。
仔豬副傷寒：是由沙門氏菌引起的一種疾病，臨床上以敗血癥、腸炎、使懷孕母畜發生流產為特征。
豬輪狀病毒病：是由輪狀病毒（屬呼腸孤病毒）引起的一種急性腸道傳染病，臨床上以腹瀉和脫水為特征。
豬球蟲病：是由球蟲引起的一種疾病，臨床上以水樣或脂樣的腹瀉為特征。
從流行病學上進行鑒別
仔豬黃痢：最容易發生于1～3日齡的仔豬，個別仔豬在生后12h發病。發病率與病死率較高。
仔豬白痢：多發生于10～30日齡的仔豬，發病率中等，病死率低。
仔豬紅痢：主要侵害1～3日齡的仔豬，1周齡以上仔豬很少發病，發病率高，病死率低。
從臨床癥狀和病理變化上進行鑒別
仔豬黃痢：排出黃色漿狀稀糞，內含凝乳小片，很快消瘦、昏迷而死。胃腸道膨脹、有多量黃色液體內容物和氣體，腸黏膜呈急性卡他性炎癥，小腸壁變薄。
仔豬白痢：糞便呈乳白色或灰白色，漿狀或糊狀，腥臭、粘膩。腸黏膜有卡他性炎癥病變。
仔豬紅痢：排出血樣稀糞，內含壞死組織碎片。空腸呈暗紅色，腸系膜淋巴結鮮紅色，脾邊緣有小點出血，腎呈灰白色。
豬痢疾：食欲減少，糞便變軟，表面附有條狀粘液，以后糞便黃色柔軟或水樣，直至糞便充滿血液和粘液。大腸黏膜腫脹，并覆蓋有粘液和帶血塊的纖維素，內容物軟至稀薄，并混有粘液、血液和組織碎片。
豬傳染性胃腸炎：仔豬糞便為黃色、綠色或白色，可含有未消化的凝乳塊。成年豬有嘔吐、灰色褐色水樣腹瀉。胃底黏膜充血、出血，腸系膜充血，淋巴結腫脹，腸壁變薄呈半透明狀。
豬流行性腹瀉：水樣腹瀉，嚴重脫水，精神沉郁，食欲減退。小腸擴張，內充滿黃色液體，腸系膜充血，腸系膜淋巴結水腫，小腸絨毛縮短。
