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豬腹瀉發生的機理，主要是腸運動增強和消化分泌、吸收機能紊亂。歸納起來，有以下三個因素：
一、腸運動增強 如細菌性毒素、病毒、寄生蟲、化學毒素、應激、飼料質變，可導致消化道發炎，而且引起胃腸道蠕動增強，降低食物完全消化及體液吸收的機會，從而會導致腹瀉。
二、分泌異常 腸毒性大腸桿菌產生的腸毒素，它使腺苷酸酶保持活化狀態，不斷產生過量的環磷酸腺苷，導致腸黏膜過度分泌黏液，液體積聚于腸腔而發生腹瀉。
三、吸收導致腸絨毛細胞受病毒感染脫落，如豬流行性腹瀉病毒。其腸的吸收作用減弱，而減少吸收日糧中的水分和使制酵素缺乏活性，但未消化的食物及滲透壓的增加，而且使到豬只發生嚴重的水樣性腹瀉。
