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一、自然淘汰
自然淘汰通常指對老齡公豬的淘汰，也包括由于生產計劃變更、種群結構調整、選育種的需要，而對公豬群中的某些個體(群體)進行針對性的淘汰。主要包括：
1. 衰老淘汰
生產中使用的公豬，由于已經達到了相應的年齡或使用年限較長，年老體衰，配種機能衰弱、生產性能低下，則應進行淘汰。
2. 計劃淘汰
為了適應生產需要和種群結構的調整，對在群公豬進行數量調整、品種更新、品系選留、凈化疫病等，則應對原有公豬群進行有計劃、有目的的選留和淘汰。
二、 異常淘汰
異常淘汰是指由于生產中飼養管理不當、使用不合理、疾病發生或公豬本身未能預見的先天性生理缺陷等諸多因素造成的青壯年公豬在未被充分利用的情況下而被淘汰。其淘汰原因一般包括：
1. 體質過肥
公豬過肥、體重過大、爬跨笨拙或母豬經不住公豬爬跨，造成配種困難或不能正常配種，此時應對公豬進行限制飼養和加強運動，降低膘情。若不能取得預期效果，應對公豬進行淘汰。
2. 體質過瘦
公豬參加配種時體況過瘦、體質較差，爬跨困難或不能完成整個配種過程，導致配種操作不利和配種效果較差，通過一些操作仍難以恢復的個體，則應進行淘汰。
3. 精子活力差
已入群的后備公豬或正在使用的種公豬在連續幾次檢查精液品質后，死精率、畸形率過高，且后裔同胞個體數較少，通過調整營養、加強管理和治療后，仍不能得到改善的個體，應及時淘汰。
4. 性欲缺乏
由于公豬過度使用或飼料中缺乏維生素A、E、礦物質等，引起性腺退化、性欲遲鈍、厭配或拒配，這種公豬應加強飼養管理，防止過度使用，并加強飼料中維生素和礦物質的營養，注意適當運動，一般可以調整過來。但對于不能恢復的個體，應該進行淘汰。
5. 繁殖疾病
某些疾病如：睪丸炎、附睪炎、腎炎、膀胱炎、布氏桿菌病、乙型腦炎等引起的公豬性機能衰退或喪失，以及由于其它疾病造成的公豬體質較差，繁殖機能下降或喪失。不能治愈時應立即進行淘汰。
6. 肢蹄病
公豬由于運動、配種或其它原因，可能造成肢蹄的損傷，尤其是后肢，損傷后沒有得到及時治療，造成公豬不能爬跨或爬跨時不能支持本身重量，站立不定，而失去配種能力，這種公豬應及時進行治療，在不能治愈或確認無治療價值時應予以淘汰。
7. 惡癖
個別公豬由于調教和訓練不當，可能會在使用過程中形成惡癖，如咬斗母豬，攻擊操作人員等。這種公豬應及早淘汰，以免引起危害。
