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衛生環境控制應包括環境消毒、免疫注射、定期驅蟲及消除污染(包括舍內外的空氣污染、環境污染)。
(1)環境消毒
環境消毒是切斷疾病傳染源的根本性措施。
1)消毒藥品。
2)消毒制度。分為常規消毒制度和非常規消毒制度;常規消毒制度指在沒有任何傳染病發生的情況下，所進行的環境工作消毒制度。非常規消毒是無定時的，遇到特殊情況下的消毒制度。其制度的制訂，首先考慮原因。環境消毒新技術還包括利用火焰噴射消毒器、沖洗噴霧消毒機及紫外線燈等先進設備進行環境消毒。
(2)消毒環境污染
消除污染主要是消除病豬、死豬、糞便的環境污染。主要通過EM、生物坑、沼氣池三條新技術途徑來實現目的。
1)EM生物制劑
比嘉照夫教授聲稱，豬圈內的糞尿水可以經過活菌制劑EM處理后成為飲用水。因此可在集約化豬場化糞池、豬舍的產床下、糞尿溝、漏縫地板下面以及普通豬場的運動場、排糞尿溝、積糞坑、堆糞場普遍利用EM活菌制劑，消除糞便對環境(包括空氣)的污染。這是實現外環境控制的新方法、新技術。
2)生物熱坑
傳染病死豬、病豬對生產存在潛在的威脅，必須妥善處理。利用生物熱坑法，尸體在生物坑自行發酵15～20天則會變形，4～5個月后全部分解，熱坑內溫度高達65℃，長期高溫可消滅病菌、病毒，分解物可放心地做肥料。生物熱坑須設置在豬場的下風區，離水源1公里外較干燥的地方。生物熱坑法具有投資少，處理量大，管理方便等優點，適合中、小型集約化豬場使用。
3)沼氣發酵他
利用沼氣池可將豬糞發酵，消除臭味和消滅糞便中的寄生蟲，達到改善衛生環境的目的。同時釋放出的甲烷為主的混合可燃氣體，可供利用。
