隨著畜牧業的發展，中小型養豬場數量迅速增多，消毒是消滅外界環境中的病原菌、切斷和預防疫病發生和流行的主要措施。根據當地的疫情和具體條件，養豬場必須有一套科學、合理的消毒制度，以確保豬群健康、豬場安全生產。
1 人員消毒
工作人員進入生產區凈道和豬舍要經過洗澡、更衣、紫外線消毒。養豬場一般謝絕參觀，嚴格控制外來人員，必須進入生產區時，要洗澡，換場區工作服和工作鞋，并遵守場內防疫制度，按指定路線行走。進入養殖場的人員，必須在場門口
更換靴鞋，并在消毒池內進行消毒，場門口設消毒池，用2％—3％火堿溶液消毒，3d更換一次。有條件的養豬場，在生產區人口設置消毒室，在消毒室內洗澡、更換衣物，穿戴清潔消毒好的工作服、帽和靴經消毒池后進入生產區。
2 環境消毒
豬舍周圍環境每2—3周用2％火堿消毒或撒生石灰一次，豬場周圍及場內污水池、排糞坑、下水道出口，每月用漂白粉消毒一次。在大門口豬舍入口設消毒池，使用2％火堿或5％來蘇兒溶液，注意定期更換消毒液。每隔1—2周，用2％一3％火堿溶液(氫氧化鈉)噴灑消毒道路；用2％一3％火堿或0.5％的過氧乙酸噴灑消毒場地。被病豬的排泄物和分泌物污染的地面土壤，可用5％一10％漂白粉溶液、百毒殺或10％氫氧化鈉溶液消毒。
3 豬舍消毒
每批豬只調出后要徹底清掃干凈，用高壓水槍沖洗，然后進行噴霧消毒或熏蒸消毒。據試驗，采用清掃方法，可以使畜禽舍內的細菌減少21.5％，如果清掃后再用清水沖洗，則畜禽舍內細菌數即可減少54％—60％。清掃、沖洗后再用藥物噴霧消毒，畜禽舍內的細菌數即可減少90％。用化學消毒液消毒時，消毒液的用量一般是以豬舍內每平方米面積用1—1.5L藥液。消毒時，先噴灑地面，然后墻壁，先由離門遠處開始，噴完墻壁后再噴天花板，最后再開門窗通風，用清水刷洗飼槽，將消毒藥味除去。在進行畜禽舍消毒時，也應將附近場院以及病豬污染的地方和物品同時進行消毒。
3．1 預防消毒 在一股情況下，豬舍應每年進行兩次(春、秋各一次)預防消毒。在進行豬舍預防消毒的同時，凡是豬停留過的處所都需進行消毒。在采取“全進全出”管理方法的機械化養豬場，應在每次全出后進行消毒。產房的消毒在產仔結束后再進行一次。豬舍的預防消毒，也可用氣體熏蒸消毒，所用藥品是福爾馬林和高錳酸鉀。方法是按照豬舍面積計算所需用的藥品量。一般每立方米空間，用福爾馬林25mL，水12.5mL，高錳酸鉀25g。計算好用量以后，將水與福爾馬林混合。其后將高錳酸鉀倒入，用木棒攪拌，經幾秒鐘即見有淺藍色刺激眼鼻的氣體蒸發出來，此時應迅速離開畜禽舍，將門窗關閉。經過12—24h后方可將門窗打開通風。
3．2 臨時消毒和終末消毒 發生各種傳染病而進行臨時消毒及終末消毒時，用來消毒的消毒劑隨疫病的種類不同而異。一般腸道菌、病毒性疾病，可選用5％漂白粉或1％—2％氫氧化鈉熱溶液。但如發生細菌芽孢引起的傳染病(如炭疽、氣腫疽等)時，則需使用10％—20％漂白粉乳、1％—2％氫氧化鈉熱溶液或其他強力消毒劑。在消毒畜禽的同時，在病豬舍、隔離舍的出人口處應放置設有消毒液的麻袋片或草墊。
3．3 帶豬消毒常用的藥物有0.2％—0.3％過氧乙酸，每立方米空間用藥20—40mL，也可用O.2％的次氯酸鈉溶液或0.1％新潔爾滅溶液，為了減少對工作人員的刺激，在消毒時可佩戴口罩。本消毒方法全年均可使用，一般情況下每周消毒1—2次，春秋疫情常發季節，每周消毒3次，在有疫情發生時，消毒1—2次/d。帶豬消毒時可以將3—5種消毒藥交替進行使用。
3．4 保健消毒 妊娠母豬在分娩前5d，最好用熱毛巾對全身皮膚進行清潔，然后用0.1％高錳酸鉀水擦洗全身，在臨產前3d再消毒1次，重點要擦洗會陰部和乳頭，保證仔豬在出生后和哺乳期間免受病原微生物的感染。哺乳期母豬的乳房要定期清洗和消毒，一般每隔7d消毒1次，嚴重發病的可按照污染豬場的狀況進行消毒處理。用護仔安涂抹于生產母豬的體表（包括母豬后軀、乳頭、陰戶等部位），減少炎癥發生，也可涂抹于新生仔豬體表，起到干燥、抑菌作用。
4 用具消毒
定期對保溫箱、補料槽、飼料車、料箱、針管等進行消毒。一般先將用具沖洗干凈后，可用0.1％新潔爾滅或0.2％一0.5％過氧乙酸消毒，然后在密閉的室內進行熏蒸。
5 糞便的消毒
患傳染病和寄生蟲病病畜、糞便的消毒方法有多種，如焚燒法、化學藥品消毒法、掩埋法和生物熱消毒法等。實踐中最常用的是生物熱消毒法，此法能使非芽孢病原微生物污染的糞便變為無害，且不喪失肥料的應用價值。
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