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呼吸與繁殖器官便成了藍耳病病毒的主要感染部位。通常認為，巨噬細胞（macrophages） 是肺臟主要的或唯一的感染藍耳病病毒的細胞，但后來的研究發現，肺泡的二型肺細胞（pneumocytes type II） 也可以感染藍耳病病毒。
有趣的是，該病毒還可以感染生精小管（seminiferous tubules ）的上皮生殖細胞（epithelial germ cells） 和間質內的巨噬細胞，并導致精細胞的缺損和死亡（一種細胞程序性死亡，apoptosis），而大量的未成熟的精細胞便成了藍耳病病毒的攜帶者。由此導致公豬的精子數量下降或非正常精子比例升高，公豬精液成了持續性排毒的來源，而當母豬使用這些精液時，往往不能受孕。
同時該病毒也感染卵巢卵泡中的巨噬細胞。
藍耳病病毒在感染時不但能發生變異，而且變異發生的頻率異常之高（Lager & Mengeling，1999 & 2000）。由于藍耳病病毒是一種RNA 病毒，象其它的RNA 病毒（流感、口蹄疫、豬瘟）一樣，變異是RNA 病毒的一個非常明顯的特征。
在自然界中，科學家已經分離了成千上萬種不同的藍耳病病毒的分離毒株（以下簡稱毒株）。但要記住，變異（Mutations ）和重組（Recombinations ）不是一個概念，完全是兩碼事，將兩個不同分離株的藍耳病病毒混合感染單個細胞雖然在實驗室里產生了重組的毒株，自然界中也曾報道發現了重組的藍耳病病毒毒株，但最終也沒有被完全證實。
藍耳病病毒絕對不會象流感病毒那樣容易進行重組。那么兩種分離株的病毒同時進入一個機體后的結果會是什么呢？實驗已經證實，這兩個毒株的其中一個將逐漸占據優勢地位，成為唯一能夠繁殖的毒株，而另外的毒株則最終消失，但機理尚不太清楚。而且兩個毒株的差異越大，兩者之間不相容的程度就越高。這一點或許可以解釋我國至今沒有歐洲型的毒株，可能是在我國美洲型的藍耳病病毒毒株“人多勢眾”，歐洲型毒株無處插足。
