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引起腹瀉的因素非常復雜，臨床常見的有微生物性因素、中毒性因素、寄生蟲性因素、內科疾病性因素、營養性因素、應激性因素、神經性因素、功能性因素等多種。微生物性因素是由細菌、病毒和其他病原微生物感染引起，其中冠狀病毒、大腸桿菌、沙門氏桿菌、魏氏梭菌感染引起的腹瀉最為多見;中毒性因素包括獸藥中毒、農藥中毒、食鹽中毒、飼料中毒;寄生蟲性因素多為線蟲、蛔蟲、球蟲、弓形體在體內寄生引起;內科疾病性因素有胃腸炎、肝炎等;其他因素有蛋白質過高、過度驚嚇、胃酸分泌不足、氣溫過低、飲用冷水以及轉群不當引起應激等。
1. 根據腹瀉的程度和持續時間推斷腹瀉的類型
如果腹瀉程度較輕、持續時間不長，僅僅表現為糞便稀軟，應懷疑是飼養管理措施不良引起的腹瀉，如氣溫過高或過低、飼料配比不合理、過食等，都會引起比較輕微的腹瀉，較輕微的胃腸炎引起的腹瀉也不會很嚴重;如果腹瀉程度較重，可能是中毒性腹瀉或肝炎、過敏、急性胃腸炎等引起的腹瀉;如果腹瀉嚴重、持續時間很長，或者呈水樣急劇腹瀉，或者便秘與腹瀉交替發生，都應該懷疑是傳染性因素引起的腹瀉，如豬傳染性胃腸炎、、豬傳染性胃腸炎等。
3. 根據糞便混有物的性質推斷腹瀉的類型
如果混有黏液，應懷疑是腸卡他;混有膿汁，應懷疑是化膿性腸炎;混有血液，是出血性腸炎;混有脫落的腸黏膜，是偽膜性腸炎;如果混有未消化的飼料或凝乳塊，應懷疑是功能障礙、普通炎癥或某些特定的傳染病，如仔豬采食初乳不足、飼料不易消化、發生傳染性胃腸炎。
4. 根據糞便的氣味推斷腹瀉的類型
如果糞便具有特殊的腐敗氣味或酸臭氣味，常提示消化不良、腸炎等疾病;如果糞便氣味惡臭，常提示某些嚴重的傳染病，如豬瘟、豬痢疾、仔豬副傷寒;如果糞便有特殊的腥臭氣味，也應該懷疑是某些傳染性疾病引起的，如豬輪狀病毒病。
5. 根據腹瀉的主要特征，通過調查畜禽飼喂情況和疾病的流行趨勢，綜合判斷腹瀉的原因
對腹瀉進行定性分析時，最重要的一點是看是否具有流行性。如果確定是散發而沒有流行性，那就肯定是非傳染性因素引起的腹瀉，這時要仔細檢查飼料情況和飼養管理制度，如飼料是否發霉、變質，飼料配比是否合理，放牧的家畜是否有接觸農藥和有毒植物的機會，是否因為飼養管理措施不良而引起胃腸炎、肝炎、膽囊炎，是否有牙齒損傷，是否有脊髓損傷。
如果腹瀉具有流行性，那就要注意尋找腹瀉的一些特殊性質，根據這些特殊性質和動物的其他疾病癥狀，準確判定病因。仔豬患傳染性胃腸炎時，糞便中常含有未消化的凝乳塊，氣味腥臭，嚴重的病豬呈噴射狀排出水樣糞便;豬患輪狀病毒病時，下痢，糞便呈暗黑或黃白色，較腥臭。
