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一個豬場是否需要凈化某種疾病屬于企業管理決策，這與企業要不要進行資本性融資、
要不要對外引種。要不要使用新料槽等等財務、生產事務的決策是相同的，都需要科學的決策方法。
從管理角度講，決策的過程包括策劃、執行、實施及效果評估。在策劃階段，疾病凈化需要技術服務人員花費很大的精力來規劃。由于可以選擇的重要病原體很多，到底需要選擇哪種病原體來凈化，則需要從必要性和可能性兩個方面來考慮，即經濟上是否必要，是否有實施的可能性。
最近，許多實驗室都需要購買PCV2（豬圓環病毒Ⅱ型）陰性豬，導致很多提供實驗動物的豬場開始考慮要不要凈化PCV2。但是，就病毒的實際情況看，對于PCV2的凈化并不現實，這主要是由PCV2的特性所決定的。所以，要算好整個豬場的經濟賬，就要考慮經濟上的必要性，要進行準確的財務評估，這就需要對疾病的影響有非常專業的理解，需要專業人士來策劃。豬場管理者在確定是否要凈化某種病原、凈化哪種病原時，就首先必須先過“為什么”這一關，才能真正統一員工思想，做到師出有名。
例如，根據目前豬場偽狂犬病的流行率，做凈化之后，種豬銷售預計能提高多少？母豬配種分娩率、窩產活仔數、母豬利用年限及仔豬斷奶前成活率是否有提高？需要將這些生產銷售效果，換算成公司層面的經營效果，進行凈化前后對比，推算投資收益率。
凈現值法可能是評估這類投資決策是否合理的最好方法。例如，一個母豬場，不做病原凈化時全場的營業現金流是怎樣的，全場病原凈化之后的營業現金流又是怎樣的，需要評估整個豬場的營業現金流，并貼現為凈現值，來判斷投資是否合理：控制和凈化，哪個營業現金流收益更高？凈現值法是最具說服力的。
凈化疾病時，豬場經理最常問的問題就是：凈化之后能維持陰性多長時間？尤其是可經空氣傳播的口蹄疫、藍耳病、肺炎支原體等等能防得住嗎？究其根本，經理們問的問題實際上是：凈化疾病投資+保持陰性一段時間取得的收益合算嗎？為了維持更長時間的陰性，維持成本是否會太大？豬場在凈化某種重要病原體之后，當然應該更加重視生物安全。
近年來，獸醫病原學和流行病學方面的研究，取得不少有實際意義的研究進展，如空氣過濾豬舍、鳥類/蚊/蟲傳播方式、正確的豬群通風換氣量等等。研究發現，運豬車輛是除了豬、人之外的重要生物安全控制點，新式的車輛清洗消毒方法應運而生，如車輛烘烤等。維持足夠長的陰性所需要的成本，同樣也要考慮進投資收益分析里面去，用于計算凈化前后企業現金流的變化。在這些問題的預算處理上，需包括多年的考量，才能做出更準確的計算結論。
例如一個擁有萬頭母豬的母豬場，下設3個育肥場，病原凈化（尤其是喘氣病和藍耳病凈化）后，生長育肥期的成活率、飼料轉化率、平均日增重預期都會改善多少？這些都需要在策劃期，通過模擬整個企業利潤表計算清楚。
最后，經常被經理忽略的是固定資產周轉率的變化。如果整場母豬的配種分娩率有提高，那么就沒有必要養這么多母豬。如果3200頭母豬的產仔數要比3500頭母豬產仔數還多，那么豬場就沒必要養3500頭母豬。這樣，固定資產的周轉效率又可以大幅度的提高，實際也是增加了企業的收益。
多數大豬場可以凈化的病原體不止一個。要不要走凈化之路？優先凈化哪一個？同時凈化一個還是幾個？這些都是在決策過程中需要考慮的因素，這些問題就是科學決策中的可能性分析，需要制定一批“標準”才能做出回答。以下是筆者針對較大群體凈化疾病時，制定的遴選方法。
1. 切實的鑒別診斷方法
大群體下，尤其是采用檢測-剔除方法時，用于疾病凈化的鑒別檢測方法很多并不存在。例如，對豬瘟而言，在連續的免疫弱毒活疫苗情況下，鑒別區分豬瘟疫苗毒與野毒就十分困難，實際上很難開展。與豬瘟相反，目前，偽狂犬的凈化幾乎是每個種豬場都要開展的工作，因為偽狂犬的鑒別檢測操作簡單，成本合理。
2.成本合理
（1）檢測成本
對于圓環病毒來說根本就不現實，難以做到檢測－剔除。實際上，圓環病毒在“圓環病毒相關病”中的致病機制目前并不清楚，也不能肯定哪種亞型的PCV2是主要致病株。
（2）剔除成本
并非所有的病原都可以進行檢測－剔除。鏈球菌就因其在豬只扁桃體中的廣泛存在，很難剔除——檢測后幾乎要全部淘汰。
（3）維持陰性成本
有幾個病原體，因其傳播途徑廣泛，尤其有些是經空氣傳播的，使得凈化之后難以維持，得不償失。養豬人最擔心空氣傳播的病原體，如藍耳病、喘氣病、口蹄疫，空氣傳播距離很遠；通常被引用的例子是藍耳病和喘氣病。由于近年來發現，通過將進舍的空氣過濾，設計好密閉豬舍的機械通風量，并科學規劃人員/豬只進出，即使在中國的條件之下，中效空氣過濾豬舍維持藍耳病陰性多年，也是可以做到的。
凈化傳染性胃腸炎的母豬場，維持陰性的基本要求是防鳥、鼠。不僅母豬場應加裝防鳥網，飼料生產車間的防鳥也很重要。豬舍使用自動關閉的彈簧門，防止鼠類進入，這些都不是什么困難的工作。
2. 病原本身特性
在病原本身的特性上，PCV2成為一個典型的案例。由于PCV2的抵抗力特別強，一旦污染，其在環境中將廣泛存在，這一點同藍耳病病毒（PRRSV）完全不一樣。在保育舍提高一定溫度后，因藍耳病導致的保育豬死亡率就會降低，但PCV2卻不是如此，且PCV2的致病機理現在尚不明確。另一個例子是內源逆轉錄病毒，其本身就是中間體，不可能考慮到凈化的問題。
目前，國內大型豬場實際上靠操作可凈化的疾病包括偽狂犬、藍耳病、胸膜肺炎放線桿菌、傳染性胃腸炎、支原體肺炎、豬痢疾和傳染性萎縮性鼻炎等等，而且對于這些病原的凈化已經取得了非常好的效果。例如胸膜肺炎放線桿菌、萎縮性鼻炎等，采用加藥早期斷奶、多點生產的方式，經過一次感染后，可維持病毒陰性多年。通過返飼技術，母豬群可以凈化傳染性胃腸炎，并維持3~4年甚至更長的時間。
長期以來，對于病原體的凈化已經闡明了很多種方法，而且并不復雜，也取得了較好的凈化效果，現介紹主要途徑如下：
1. 后備母豬的培育
對于后備母豬的培育，藍耳病的凈化成了現在最標準的做法，凈化后的母豬場若要求沒有病原體的存在，后備母豬就要進行早期感染，防止病原在繁殖豬群的復制；用下痢小豬病料返飼后備母豬，可以有效防制傳染性胃腸炎（TGE）的發生；另外要對陽性藍耳病母豬群封群，提前群培育后備母豬是整個豬場轉陰的關鍵。
2. 部分清群
在母豬群凈化藍耳病以后，斷奶仔豬均為陰性，這樣，把多周齡仔豬置于一個場內時，需要保育舍沒有循環著病毒，才能維持整個豬群的陰性狀態。對于產仔-育肥一條龍的豬場，將保育舍和育肥舍清空2~3個星期，反復清洗消毒，就能很好地切斷了病原的傳遞，可以達到凈化藍耳病的目的。部分清群通常不會造成資金的過度浪費，也是提高保育期成活率的好辦法。
歐洲一些國家，通過部分清群甚至實現了支原體凈化。通過搬走全部10月齡以內的豬只，結合全群使用抗生素，迅速清除了喘氣病，方法簡單易行。
3. 全清群/重建群
對于存在重要豬病、繁殖豬群種質性能較差、可以結合欄舍改造的商品豬場，可以直接選用此方法。全清群/建群通常可以一次性凈化多種病原，例如藍耳病、喘氣病、萎縮性鼻炎、偽狂犬等等，但歸根究底，前提是要有好的陰性的后備母豬來源。
4. 檢測－剔除
這是最常用的疾病凈化方法。這種方法在種豬場非常適用，不必淘汰全部繁殖豬群，也是疾病凈化最基本的方法，可以有效可靠地檢測到病原體。如前所述，使用檢測－剔除的前提，是要有可靠、成本合理的鑒別診斷的方法。
5. 群體封閉
這是疾病凈化的新方法，也經過了國內外實踐的驗證，切實有效。凈化藍耳病的首選方法，即集中一次感染全部繁殖豬群之后，210~250天時間內，全場不再引進后備豬，豬只自身產生抗體，藍耳病即在豬群里得到清除。
6. 加藥
早期隔離斷奶在母豬臨產前開始至哺乳期，母豬飼料中針對性地添加較高劑量的藥物，仔豬在哺乳期不感染細菌性病原，17~18天左右斷奶后，可以做到凈化胸膜肺炎放線桿菌（APP）、喘氣病。多點生產時，在支原體的凈化上可達到很好的效果。
歸根到底還是要通過生產表現來評估。選哪些生產指標？哪些豬需要采血檢查？都需要十分專業的豬病知識。
抽樣方法和樣本大小就很關鍵。例如，近年的研究發現，弱仔攜帶PRRSV的可能性并不比強壯仔大，且在同窩新生仔豬中，可能只有一半的仔豬攜帶PRRSV，這就為抽檢樣本和數量的選擇增加了難度。選擇合理的檢測方法需要對方法有詳細的理解。
例如，使用ELISA進行抗體檢測，用于判斷PRRSV凈化末期的陰/陽性狀態，就需要特別注意檢測方法的假陽性、假陰性率。
某公司新購兩塊場地，用于新豬場建設。在建群期里，準備改為多點生產，故將原1200頭母豬-育肥一條龍的豬場，擴大到3500頭的單純母豬場，保育和育肥舍分別在新購的兩塊地上全部重建，建成兩個保育、育肥一體場。要在母豬場里把原PRRSV抗原陽性場，凈化成PRRSV抗原陰性，新建保育舍和育肥舍做成PRRS和喘氣病雙陰性。這樣的決策需要建立在科學的決策方法基礎上。需要考慮實施這樣的決策在經濟上是否可行，是否有必要，另外，現有的技術是否支持，經過效果評估了解會降低多少成本，提高多少收益。而從管理會計的角度上講，整個的決策過程需要在體系經營的5~10年的期間里評估，從整體的營業現金流判斷在凈現值上合不合理，即需要用全（新）公司的多年損益來考核。
在實際生產中總結的實施方案現介紹如下：
1.母豬群：（1）篩查PRRSV毒株，通過基因序列普查確定豬場中的PRRSV屬于哪個毒株；（2）在斷奶仔豬中查流行率；（3）補充220天要用的后備豬；（4）用篩查出的毒株全群感染，記作第0天；（5）170天開始每周查斷奶仔豬流行率。一般來說，很難找到陽性豬了；（6）200天若全陰性，則母豬加藥早期隔離斷奶。小豬可進到新建保育、育肥群中去，全部轉為陰性。
2.新建保育、育肥群：（1）部分清群；（2）引入陰性仔豬。在現今我國的養豬條件下，藍耳病、口蹄疫是危害最大的空氣傳播的病毒病。重要的豬群（如核心群種豬場）進行空氣過濾，不僅可行而且是十分必要的生物安全措施。例如，在母豬群中實施中效空氣過濾，保育、育肥舍較大批次全進全出，每周實施公豬的精液全檢，斷奶仔豬抽樣PCR檢測等，另外，要結合B超等方法進行有效的效果評估（30天配種受胎率、母豬分娩率、窩均活仔數、日均死亡率等）。
總之，走豬病凈化之路，采用新技術維持陰性，比試圖控制豬病，經濟上要更合算。未來一段時間，大量的舊豬場改擴建，會給豬病凈化提供更多機會。
