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凡是具有滅菌作用的消毒劑，無疑對動物機體也都有一定的毒副作用，如組織腐蝕、吸收中毒、特異性致敏等，請養豬人謹記以下6大毒副作用：
1、對動物和人健康的危害。很多消毒劑都有刺激性，例如甲醛、過氧乙酸、含氯消毒劑等。有的刺激眼睛，引起流淚、水腫；有的刺激呼吸道，引起打噴嚏、咳嗽、氣管和喉頭水腫；有的引起皮疹或使動物煩躁不安等。
2、成為某些疾病的幫兇。豬的呼吸系統和消化系統是與外界相通的，我們在對飲水消毒的時候，就是在對豬的消化系統黏膜進行破壞，對豬的消化吸收功能影響很大，甚至會誘發腸道疾病。當我們做帶豬消毒時，霧化的消毒液可對呼吸系統黏膜造成傷害，可能導致豬的第一道天然防御屏障被破壞，從而使得致病菌能夠長驅直入，侵害豬的呼吸系統。同時，消毒工作的本身對豬也是一種應激。
3、損傷器具。很多消毒劑腐蝕性都是很強的，如石灰水、苛性鈉、過氧乙酸等，對金屬圍欄、金屬飼槽等有很強的腐蝕性。被腐蝕的器具很容易污染和存留細菌、病毒，如破傷風桿菌等。
4、降低環境的自凈能力。在頻繁和不規范的消毒情況下，有益微生物也被殺滅，而一些耐藥微生物會更加猖獗，并大量的繁殖并擴散，對人類和動物生產造成更嚴重的危害。
5、導致病原微生物抗逆性增強。長期大量的使用消毒劑，會使消毒效果明顯降低，甚至完全失效。例如，在污水中已經發現了含有抗甲醛的綠膿桿菌、腸球菌和傷寒桿菌，對季銨鹽類產生耐受性的葡萄球菌、白色念珠菌。
6、可能引起生物變異。消毒劑的長期大量使用，會促使生物遺傳物質發生突變，這種突變是很細微的，但經過數代甚至多代以后，量變引起質變，可能出現新的有害變種
