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許多具有多年養豬經驗的朋友發現，豬場經常消毒反而豬群抵抗力下降，豬只更容易發病，疫病暴發的頻率反而更高，對于豬場消毒存在很大的質疑。并舉例加以說明，如：
1、二十年前的農村養豬的環境，那是是沒有水泥地面的，那時豬只都是臥在爛泥，爛糞堆里，也不存在給豬清糞、消毒，但那時的豬幾乎很少，甚至不會生病。
2、流浪漢的所吃食物和生存環境中病原微生物的濃度與常人相比要高很多倍，但卻很少見流浪漢生病。
3、農村的孩子整天與泥土打交道、整天臟兮兮的，甚至飯前就不洗手，可你能說農村小孩沒城市的抵抗力高嗎......
這些養豬朋友提出自己的見解和列舉的例子本身沒有問題，但并未認識到豬群抵抗力的關鍵所在，而以此來推翻現代養豬技術的一些做法并不妥。
現代基因型母豬的生產力得到了顯著的提升，如產仔數、瘦肉率、生長速度等，但要承受更大的營養和體力壓力，致使母豬對環境、營養、管理等方面的耐受力明顯下降，體質不斷減弱。同時每天又處在超負荷工作狀態(生長速度快、年產胎次高、哺乳強度大)，加上飼養密度大、環境條件差(病原譜復雜、空氣、溫度、濕度等)等諸多因素干擾。而流浪漢和農村小孩雖然生活條件差，但生活自由，沒有超負荷工作，是不能與豬群相提并論的。
很多豬場在提出消毒效果差，甚至起反作用時，并沒有考慮本身消毒工作有沒有做到位，而是在消毒工作中存在很多誤區和漏洞，導致消毒不徹底，反而助長了病菌的傳播。
1、消毒前不清理或清理不徹底。豬糞、飼料殘渣等是最容易滋生細菌的，如果漏縫地板底下、豬舍內外的地面、料槽、墻壁等未進行徹底清理時，進行噴霧消毒，起到的作用是非常有限的，即使浸泡也很難浸透。
2、消毒池中的磚塊和人行過道。很多豬場大門和豬舍門口的消毒池(槽)中鋪磚塊或建人行道，這樣人的鞋子就可以不通過消毒池，讓消毒池變成廢物。
3、大體積物品的消毒。保溫箱內使用的木板，體積大，浸泡不易，如果消毒不徹底對下批豬的影響將非常大。可以使用將木板噴油漆，噴油漆后的木板可防止病原滲透，也便于清洗消毒，并且可多次使用。
4、帶豬消毒。消毒液本身是一種刺激性比較大的物質，帶豬消毒容易引起豬呼吸道的損傷，加速病原微生物的感染。
5、新飼養員的行李和衣物。很多豬場門口采用紫外線消毒，這樣不僅不能殺死衣物內部的細菌，而且對人皮膚有傷害;對于這些物品，噴霧、浸泡無法進行。因此只有熏蒸可以解決，但消毒要確保足夠的時間。
