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《通知》表示，污染源普查是一次重要的國情調查，農業污染源普查是全國污染源普查的重要內容之一，是農業資源環境的基礎性工作。做好農業源污染普查，有利于全面掌握我國農業面源污染現狀，準確判斷我國當前農業環境形勢;有利于推動打好農業面源污染防治攻堅戰的實施，推進農業生產方式轉變，不斷改善環境質量;有利于加快推進生態文明建設和農業綠色發展，補齊全面建成小康社會的生態環境短板和實現鄉村振興戰略目標。
農業污染源普查涉及種植業、畜禽養殖業、水產養殖業、秸稈、地膜等諸多方面，污染來源面廣，普查工作量大、技術難度大，任務要求高，各地要增強做好農業污染源普查的緊迫感和責任感，高度認識，做好組織，充實力量，切實把第二次全國農業污染源普查任務完成好。
《通知》明確了普查目標和普查任務!
(一)普查目標
本次普查要摸清農業污染源基本信息，了解和掌握不同農業污染物的區域分布和產排情況，為農業環境污染防治提供決策依據。掌握種植業、畜禽養殖業和水產養殖業生產過程中主要污染物流失量、產生量、排放量及其去向;查清地膜的使用量和殘留量、秸稈的產生量和利用量。獲取農業生產活動基礎數據，建立農業污染源資料檔案，完善農業污染源信息數據庫和監測管理平臺，為做好農業污染源監管提供強有力的技術支撐。明確農業污染源排放規律和主要影響因子，闡明農業污染物的動態變化趨勢和分布特征，為控制農業面源污染，指導農業結構調整，優化農業產業布局，促進農業綠色發展提供科學依據。
(二)普查對象
本次普查對象為種植業源、畜禽養殖業源、水產養殖業源以及地膜、秸稈和農業移動源。其中，種植業源主要包括糧食作物、經濟作物和果蔬的主產區的種植情況、肥料和農藥使用情況及氮磷流失情況;
畜禽養殖業源主要包括豬、奶牛、肉牛、蛋雞和肉雞等養殖過程中畜禽糞便產生量和水污染物排放量;水產養殖業源主要包括池塘養殖、網箱養殖、圍欄養殖等養殖條件下，魚、蝦、貝、蟹等主要水產品養殖過程中污染物產生量和排放量;
地膜主要包括不同農業區域和不同作物的使用量、殘留量、回收利用量及分布特征;秸稈主要包括水稻、小麥、玉米、馬鈴薯、甘薯、大豆、花生、油菜、棉花、甘蔗等作物的秸稈產生量、可收集量和利用量;農業移動源主要包括農業機械、漁船等非道路移動源。
(三)普查任務
本次借鑒第一次全國污染源普查經驗，以已有統計數據為基礎，確定抽樣調查對象，開展抽樣調查，獲取普查年度農業生產活動基礎數據，根據產排污系數核算污染物產生量和排放量。
農業污染源普查內容重點包括種植業源、畜禽養殖業污染源、水產養殖業污染源、地膜、秸稈等五個方面，同時提供與污染核算相關的農業機械和漁船數據，并積極配合環保部門開展種植業及畜禽養殖業廢氣污染物排放核算和典型流域農業源入水體負荷研究等工作。其中：
1.種植業源。開展生產情況，農藥、肥料使用情況調查;開展總氮、總磷、氨態氮等涉水污染物流失量監測。
2.畜禽養殖業源。開展畜禽種類、養殖情況、糞污產生和處理情況調查;以養殖場和養殖戶為單元，開展糞便污水產生量、化學需氧量、總氮、總磷、氨氮等涉水污染物產生量和排放量監測。
3.水產養殖業源。開展養殖方式、養殖模式、養殖產量、養殖面積，以及餌料、肥料、漁藥等投入品使用情況調查;以水產養殖場和養殖戶為單元，開展養殖換水量及化學需氧量、總氮、總磷、氨氮等涉水污染物產生量和排放量監測。
4.地膜。開展不同農業區域、不同作物的地膜使用量、覆蓋周期、覆膜種植比率、田間覆蓋率、覆蓋作物類型及方式等基本信息調查;以典型地塊為單元，開展農田地膜當季殘留量、累積殘留量監測。
5.秸稈。開展不同作物種類、不同區域的產生量、可收集量，以及秸稈肥料化、能源化、飼料化、基料化和原料化利用量調查;以典型地塊為單元，開展秸稈草谷比、秸稈可收集量監測。
